環境計測の１つとして岩石などの低透磁率磁性体材料の残留磁気の計測が挙げられる。地磁気の1/10-1/100レベルの残留磁気を計測する場合，地磁気をキャンセルする磁気シールドが不可欠であり、超高感度な磁気センサが必要となり，測定装置が大規模で敏感なものとなる。我々はこれまでにGMR(Giant Magnetic-resistance)針状磁気プローブを使用して，立方体に2穴を形成することで、3軸の残留磁気の測定が可能であることを報告した。しかし、岩石は加工で一部が欠損する場合があり、立方体構造から形状変化をあった場合の測定への影響について報告を行う。また，どの程度微小なものまでを計測できるかも合わせて報告する。